Σε όλη τη διάρκεια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας οι Ρωμιοί συνέδεαν τα νοσηλευτικά ιδρύματα τους, τα σχολεία τους και κάθε τι άλλο κοινωφελές με μια εκκλησία. Στόχος τους να έχουν, για χίλιους μύριους λόγους, χαρακτήρα θρησκευτικών ιδρυμάτων, να χαίρουν δηλαδή όσο γινόταν περισσότερου σεβασμού από τους Οθωμανούς κρτούντες.

Κάπως έτσι και φτιάχνεται στην καινούργια πολιτεία του Αιβαλιού στα μέσα του 18ου αιώνα το νεκροταφείο αλλά και το νοσοκομείο γύρω τριγύρω από την εκκλησία της Παναγίας των ορφανών στα τότε νότια άκρα της πόλης. Σύντομα οι ανάγκες της ολοένα και αναπτυσσόμενης Πολιτείας πείθουν για την ανάγκη ενός νέου νοσοκομείου αλλά και ενός «λωβοκομείου», λεπροκομείου δηλαδή. Μετά την ολοκλήρωση της ανέγερσης της Ακαδημίας των Κυδωνιών χτίζονται τα δυο αυτά νέα ιδρύματα με δυο μικρές εκκλησίες. Του Αγίου Χαραλάμπους στο νοσοκομείο και της Αγίας Υπακοής «εν τω Λωβοκομείω».

Στην αυλή του Αγίου Χαραλάμπους. Τα 500 ορφανά του εκτοπισμού του 1917 ήταν επέστρεψαν το 1922 

Στο μεγάλο τζουλούσι, την καταστροφή των Κυδωνιών στις 3 Ιουνίου του 1921 τα ιδρύματα όπως και όλο το Αϊβαλί καταστρέφονται. Ήταν το κόστος της συμμετοχής των Αϊβαλιωτών στην επανάσταση αλλά και της λειτουργίας της Ακαδημίας Κυδωνιών, του κέντρου πα’ να πει του Ελληνικού Διαφωτισμού που στηρίζει ιδεολογικά την επανάσταση.

Στα τέλη της δεκαετίας του 1830, λίγο δηλαδή μετά την επιστροφή των Αιβαλιωτών στην Πολιτεία τους, όσων από δαύτους επέστρεψαν, με εράνους χτίζεται στη θέση των παλιών νοσηλευτικών ιδρυμάτων το «νέο Νοσοκομείο των Κυδωνιών» και επισκευάζονται οι μικρές εκκλησιές του Αγίου Χαραλάμπους και της Αγίας Υπακοής. Με στόχο δε την οικονομική ενίσχυση του Νοσοκομείου οργανώθηκε για πρώτη φορά στις 23 Αυγούστου 1840 το πανηγύρι «της Παναγιάς τα εννιάμερα».

Σύμφωνα με την βιβλιογραφία (Σάκαρης και Ζερβός) «με μεγάλη πομπή μεταφέρθηκε στο ναίσκο του Αγίου Χαραλάμπους η θεωρούμενη ως θαυματουργή εικόνα της Παναγίας, που ανήκε σε καποιον Βλαστάρη από την ενορία του Προφήτη Ηλία, και από τότε το πανηγύρι γινόταν κάθε χρόνο με μεγαλοπρέπεια».

Το συγκρότημα από τη μεριά του νεκροταφείου της Αγίας Γαλατιανής

Τότε σύμφωνα με το Δημητρό Ψαρρό στο μνημειώδες έργο του «Το Αϊβαλί» φαίνεται ότι χτίστηκε στη θέση της μικρής παλιάς εκκλησίας του Αγίου Χαραλάμπους νέος, μεγαλύτερος ναός, του τύπου των απλών ξυλοστεγων βασιλικών εκείνης της εποχής, χωρίς την αϊβαλιώτικη υπερύψωση του μεσαίου κλίτους. «Ο ναός είχε τέμπλο από ξύλο ελιάς, αξιόλογο έργο ξυλογλυπτικής ντόπιων μαστόρων, των ‘ταλιαδούρων’» λέει ο Φώτης Κόντογλου. Ας σημειωθεί ότι τα έσοδά του ναού ενίσχυαν το Νοσοκομείο και γι’ αυτό το λόγο οι ιερείς του είχαν το προνόμιο «προσκαλούμενοι με την εικόνα της Παναγίας να τελούν αγιασμούς και παρακλήσεις εις όλας τα ενορίας της πόλεως».

Το καμπαναριό του Αγίου Χαραλάμπους χτισμένο πάνω από την «απάνω πόρτα» του συγκροτήματος 

Έτσι δημιουργήθηκε η δέκατη ενορία των Κυδωνιών, που περιλάμβανε τις νοτιότερες συνοικίες της πόλης Καντελί ή Καντιλί και Πλυθαριά.
Ο Δημητρός Ψαρρός περιγράφει τον ευρύτερο αυτόν χώρο φιλανθρωπίας. «Το κτίριο του Νοσοκομείου είχε σχήμα Γ και περιέκλειε, από τη βορινή και τη δυτική πλευρά, την ευρύχωρη λιθόστρωτη αυλή στην οποία βρισκόταν ο ναός του Αγίου Χαραλάμπους.

Περιλάμβανε «χειρουργικόν και παθολογικόν τμήμα εις τέσσαρας ευρυχώρους, εναέρους και ευηλίους μεγάλας αιθούσας ασθενών, πλήρες φαρμακείον μετά πλουσίας συλλογικής χειρουργικών εργαλείων, διαμέρισμα δωματίων προς απομόνωσιν των επικινδύνων φρενοβλαβών, ευρύχωρον ανώγαιον διαμέρισμα βρεφοκομείου, μεγάλην αίθουσαν τελετών και υποδοχών και παρακείμενα τα γραφεία της διευθύνσεως και το διαμέρισμα των δωματίων της υπηρεσίας, των μαγειρείων και των αποθηκών.

Η κύρια είσοδος του συγκροτήματος βρισκόταν προς την πλευρά της θάλασσας. Απέναντι υπήρχε ένα μικρό καφενεδάκι, με μιαν εξέδρα σε πασσάλους πάνω από το νερό».

Το Αιβαλί. Σε πρώτο επίπεδο ο χώρος του «μπαχτσέ του Οικονομέλλη». Διακρίνεται το καμπαναριό του Αγίου Χαραλάμπους 

Στην πίσω πλευρά του περιβόλου υπήρχε η δεύτερη είσοδος, πάνω από την οποία υψώθηκε αργότερα το καμπαναριό του Αγίου Χαραλάμπους.
Παράρτημα του Νοσοκομείου ήταν και το γειτονικό Γηροκομείο «περιλαμβάνον δεκάδα κελλίων προς ενδιαίτησιν των απόρων και ερήμων γερόντων». Είχε μεγάλη αυλή, όπου υπήρχε το παρεκκλήσι της Ευαγγελίστριας Εδώ ας σημειωθεί ότι στα κτήματα του Νοσοκομείου περιλαμβάνονταν «και τα παρά το Σαρμουσάκι λατομεία» τα λατομεία δηλαδή από τα οποία έβγαινε ο κόκκινος πολύτιμος τραχείτης με τον οποίο χτίστηκε το Αϊβαλί και ολόκληρη η Λέσβος. Τα έσοδα από το λατομείο αποτελούσαν έναν ακόμα πόρο για το ίδρυμα.

Νέα πηγή εσόδων για το «Ιερόν Νοσοκομείον» δημιουργήθηκε με την «εύρεση», στις 28 Ιουνίου 1852, και άλλης εικόνας της Παναγίας, σε τόπο κοντά στο Νοσοκομείο, στο νότιο άκρο του τότε οικισμού. Η εικόνα ονομάστηκε «Φανερωμένη», και στη θέση που βρέθηκε ανάβλυσε «αγίασμα».

Το 1890, στη θέση αυτή υψώθηκε ένα εντυπωσιακό νεοκλασικό παρεκκλήσι από κόκκινη πέτρα του Σαρμουσάκ, που αντικατέστησε κάποιο άλλο παλαιότερο και ταπεινότερο κτίσμα. Έχει μορφή αρχαίου ναού, με κολόνες με ψευδοκοριανθιακά κιοβνόκρανα.

Η ενορία του Αγίου Χαραλάμπους στις αρχές του 20ου αιώνα είχε 800 σπίτια δηλαδή περίπου 4.000 κατοίκους.

Οι περισσότεροι ήσαν φτωχοί αγρότες, εργάτες, ασβεστάδες. Τα Πλιθαριά ήταν η πιο φτωχή συνοικία της ενορίας, με πλίθρινα σπίτια (μαρτυρία Παναγιώτη Ζωγράφου, Αρχείο Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών). Από την ενορία του Αγίου Χαραλάμπους εκλέγονταν τρεις αντιπρόσωποι για τη Δημογεροντία.

Σήμερα...
Για όσους αναρωτιούνται σε τι από το σημερινό Αϊβαλί αντιστοιχούν όλα τα παραπάνω.
Μετά την Καταστροφή του 1922 το Νοσοκομείο μετατράπηκε σε σχολείο και έγιναν κάποιες τροποποιήσεις στην είσοδο από την πλευρά της θάλασσας. Στον γειτονικό «μπαχτσέ του Οικονομέλλη» χτίστηκε νέο νοσοκομείο ενώ στην παραλία μπροστά στο χώρο δημιουργήθηκε πρόσφατα λιμάνι για σκάφη αναψυχής.
Ο ναός του Αγίου Χαραλάμπους και οι άλλες μικρές εκκλησίες γύρω τριγύρω κατεδαφίστηκαν. Στη θέση του γειτονικού νεκροταφείου της Αγίας Γαλατιανής κατασκευάστηκε γήπεδο ποδοσφαίρου. Έχει σωθεί ακέραιο και ανακαινίσθηκε το νεοκλασικό αγίασμα της Φανερωμένης. Στις γειτονιές της ενορίας του Αγίου Χαραλάμπους διατηρούνται ακόμα τα περισσότερα από τα παλιά σπίτια και κάποια από τα λιθόστρωτα των δρόμων.