15 Αυγούστου και στο Αϊβαλί γιόρταζε ο μητροπολιτικός ναός, η εκκλησία της Κοίμησης της Θεοτόκου, η «μεσαία» ή «μέση» Παναγιά ονοματισμένη έτσι λόγω της θέσης της στο κέντρο της πολιτείας.

Θεωρείται σαν τη τέταρτη σε παλαιότητα εκκλησία του Αϊβαλιού. Πρωτοχτίστηκε το πρώτο μισό του 18ου αιώνα και σίγουρα πριν το 1780, αφού αναφέρεται ότι τότε ο Οικονόμος ίδρυσε στον περίβολό της, «σχολείον των κοινών γραμμάτων».

Το αρχικό κτίσμα σύμφωνα με το Δημητρό Ψαρρό στο μνημειακό του έργο ΤΟ ΑΙΒΑΛΙ πρέπει να ήταν μια απλή τρίκλιτη, ξυλόστεγη βασιλική, παρόμοια με τις άλλες εκκλησίες της ίδιας περιόδου που χτίζονταν στη γειτονική Λέσβο και στη μικρασιατική Αιολίδα.

Το ενοριακό αυτό συγκρότημα καταστράφηκε, όπως και όλη η πολιτεία, κατά την πυρκαγιά της 3ης Ιουνίου 1821 από τον Οθωμανικό στρατό ως αντίποινα για το ρόλο που έπαιξε στην επανάσταση. Με την επάνοδο των κατοίκων 10 χρόνια μετά, πρέπει να επισκευάστηκε πρόχειρα. Στις 2 Φεβρουαρίου 1840 εκεί συγκαλείται η συνάθροιση του λαού που συγκάλεσε ο Παναγής Ιωαννίδης, αρχηγός της φατρίας των Σαλταίων. Η περίοδος του κομματισμού για το Αϊβαλί είχε ξεκινήσει.

Πανοραμική όψη της ενορίας της Μέσης Παναγιάς από το λόφο του Προφήτη Ηλία. (1910). Η εκκλησία της Κοίμησης της Θεοτόκου και το γύρω από αυτήν συγκρότημα διακρίνεται αριστερά από το ναό του Άϊ Γιάννη της Αγοράς (με το καμπαναριό) 

Ακολούθησε το χτίσιμο της νέας μεγάλης εκκλησίας που από μια σωσμένη φωτογραφία της πόλης από το λόφο του Προφήτη Ηλία, που κυκλοφόρησε σε ταχυδρομικές κάρτες κατά την πρώτη δεκαετία του 20ού αιώνα περιγράφεται από το Δημητρό Ψαρρό ως «μια τυπική τρίκλιτη αιολική βασιλική, χωρίς υπερύψωση του μεσαίου κλίτους, με ευρύχωρο εξωνάρθηκα και γυναικωνίτη σε σχήμα Π γύρω από την πλευρά της πρόσοψης. Τα γενικά μορφολογικά χαρακτηριστικά της, και ειδικότερα οι αχλαδόσχημοι φεγγίτες πάνω από την αψίδα του ιερού, την κατατάσσουν χρονολογικά στη δεκαετία 1840-1850, στην οποία ανήκουν και οι ναοί του Αγίου Δημητρίου στο Αϊβαλί, της Αγιας Παρασκευής στην Άντισσα της Λέσβου και άλλοι παρόμοιοι. Στο εσωτερικό του ναού υπήρχαν αγιογραφίες του Γεωργίου Αγραφιώτη και του Δημητρίου Νταμπαλή, τον οποίο ο Φώτης Κόντογλου θεωρεί αξιόλογο ζωγράφο».
Ο ναός περιβάλλονταν από μονόροφα κελιά και οστεοφυλάκιο, το «στενό παρεκκλήσι της Αγίας Βαρβάρας» καθώς και το κηροπλαστείο, αποθήκη και χώρος για τους νεωκόρους .

Φωτογραφία της δεκαετίες του 1930. Δεξιά σε Πράτο πλάνο ο Αι Γιώργης. Στο κέντρο μπροστά στη θάλασσα ο Αι Γιάννης της Αγοράς. Με το καμπαναριό πριν το κουτσουρέψουν. Αριστερά φαίνονται τα ερείπια της μητροπολιτικής εκκλησιάς της Παναγίας. Εκεί όπου σήμερα στο Αιβαλί είναι το παζάρι των λαχανικών και των ψαριών.

Στη δυτική πλευρά, απέναντι από το ναό, χτίστηκε αργότερα μέσα στον περίβολο το διώροφο μητροπολιτικό οίκημα στο οποίο στεγαζόταν και η Δημογεροντία. Στο ισόγειο στεγάζονταν τα γραφεία και το βιβλιοπωλείο της Σχολικής Επιτροπής, τα γραφεία του «Ψυχομεριδίου», που ιδρύθηκε το 1863, και τα γραφεία του Ληξιαρχείου.

«Μια στοά λέει ο Δημητρός Ψαρρός, στο μέσον της πρόσοψης οδηγούσε στη φαρδιά σκάλα η οποία κατέληγε σ’ ένα ευρύχωρο χαγιάτι με τζαμαρία στο πάνω πάτωμα. Στον όροφο αυτόν βρίσκονταν τα γραφεία και η αίθουσα συνεδριάσεων της Δημογεροντίας καθώς και τα δωμάτια του μητροπολίτη Εφέσου, στην περιφέρεια του οποίου ανήκε το Αϊβαλί, μαζί με τα τοπικά γραφεία της Μητρόπολης και του πρωτοσύγκελου».

Οι χώροι αυτοί απετέλεσαν αργότερα την έδρα της νέας ανεξάρτητης Μητρόπολης Κυδωνιών, που ανακηρύχθηκε τον Απρίλιο του 1908, με πρώτο - και τελευταίο - μητροπολίτη τον εκ Στρωμνίτσης Γρηγόριο Ωρολογά.

Το πότε ακριβώς ο ναός της Μέσης Παναγιάς έγινε μητροπολιτικός ναός είναι ασαφές. Πριν από το 1821 μητροπολιτικός ναός ήταν ο Άγιος Γεώργιος . Με την επάνοδο των κατοίκων μετά την καταστροφή του 1821, ως μητροπολιτικός ναός χρησίμευε ο πρόχειρα επισκευασμένος ναός της Κάτω Παναγιάς.

Ο γιατρός Ιωάννης Κερεστετζής, γεννημένος στο Αϊβαλί το 1866, γράφει: «Ο τότε (1842) Μητροπολίτης Εφέσσου Άνθιμος, θέλων να κατευνάση τα πάθη συνεκάλεσε εις τον τότε Μητροπολιτικόν ναόν της Ζωοδόχου Πηγής την Γενικήν Συνέλευσιν...». Παρακάτω όμως αναφέρει, για το έτος 1889, ότι μητροπολιτικός ναός ήταν η Κοίμηση της Θεοτόκου.

Στις αρχές του 20ού αιώνα η ενορία της Μέσης Παναγιάς είχε 400 με 500 σπίτια, δηλαδή πληθυσμό περίπου 2.000 με 2.500 κατοίκων. Ήσαν κυρίως εύποροι κτηματίες, έμποροι και βιομήχανοι, με μεγάλα και πλούσια σπίτια. Εδώ κατοικούσαν και μερικές οικογένειες προυχόντων της πολιτείας «όπως οι οικογένειες Γονατά, Ζερβού κ.ά. Γύρω από του Αγγελή το Γιαλό βρίσκονταν τα σπίτια των οικογενειών Βαλσαμάκη, Κερεστεντζή, Σαπουντζόγλου, Ζάχου, Κούκου, Γεωργαλά, Μαλέλη, όλα σήμερα κατεδαφισμένα. Πιο μέσα βρισκόταν το ξενοδοχείο του Ιάκωβου Μούρα, και το φαρμακείο Ζαφειράκη, πάνω από το οποίο ήταν το σπίτι του γιατρού Τζούγα. Ακόμα πιο μέσα, γύρω απο το Πλατύ Σοκάκι, αναφέρονται, στην ανατολική πλευρά, τα σπίτια Λαχανά, Κουγιουμτζέλλη, Αγγελομάτη, Μουχλουζέλλη, Παράσχου, Κορφιού, Ζερβού, Βονοφάκου, Χατζημανωλάκη και Ουράνιου, ενώ στη δυτική πλευρά τα σπίτια Χατζηαγγελέλλη, Βαξεβανέλλη, Μυτιληνέλλη, Χατζηγιάννη, Αποστολέλλη, Δεληβασίλη, Δουραμάνη, καθώς και του μουσικού Γαβριήλ Δήμου» λέει ο Δημητρός Ψαρρός που μαζί με τη Ζαχαρώ Παπούκα, εντοπίσανε σε χάρτη όλα τα κτίρια που θυμόταν η δεύτερη.

Η ενορία της Μέσης Παναγιάς, μαζί με την ενορία του Αγίου Δημητρίου, εθεωρούντο οι «αριστοκρατικές», καθώς εκεί «δεν βγαίνανε να καθίσουν στα κατώφλια της ξώπορτας το καλοκαίρι». Από αυτήν εκλέγονταν τρεις αντιπρόσωποι για τη Δημογεροντία. Εφημέριος στο ναό το 1920 ήταν ο ιερομόναχος Ευγένιος Λαλακιώτης.

Η όψη της συνοικίας δεν άλλαξε πολύ από το 1922 μέχρι σήμερα, παρότι έγιναν αρκετές επεμβάσεις σε πολλά ισόγεια παλαιών σπιτιών για να μετατραπούν σε μαγαζιά, κυρίως πάνω στο Πλατύ Σοκάκι. Μόνο το συγκρότημα της Μητρόπολης κατεδαφίστηκε από τα πρώτα χρόνια μετά το 1922. Στη θέση του δημιουργήθηκε μια αγορά ψαριών και λαχανικών. Και καταστήματα που την περιβάλλουν.

Το ερώτημα είναι γιατί κατεδαφίστηκε αμέσως μετά την καταστροφή ο μητροπολιτικός ναός και τα κτήρια που τον περιέβαλαν σε αντίθεση με άλλους ναούς και δημόσια κτήρια.

Ο Γιάννης Παπουτσιδάκης σε προφορική του μαρτυρία στον υπογράφοντα αναφέρει ότι ο λόγος της κατεδάφισης ήταν η συγκέντρωση στο ναό από τους προύχοντες και τους ιερείς τις τελευταίες μέρες πριν την είσοδο των Τουρκικών στρατευμάτων στο Αιβαλί, όλων των ιερών κειμηλίων της πόλης. Κάποια από αυτά τοποθετήθηκαν κάτω από τα μάρμαρα του ναού.

Το γεγονός αυτό έγινε γνωστό και ο όχλος κατεδάφισε τα πάντα σε αναζήτηση αυτών και άλλων κειμηλίων, από πολύτιμα μέταλλα πολλά από αυτά, της πλούσιας Ρωμέικης πολιτείας και του μητροπολιτικού της ναού που πέρασε κι εχάθη. Σαν σήμερα με το πέρας της λειτουργίας μοιράζονταν μαζί με το αντίδωρο σύκα κι Αιβαλιώτες γιόρταζαν. Ανοιχτά μαγαζιά και γλέντια για τους Παναγιώτηδες και τις Μαρίες. Ανοιχτά και σπίτια και μουσικές. Είπαμε. Γκρεμίστηκε η εκκλησιά της μέσης Παναγιάς, πέρασε κι η Πολιτεία.