Χτισμένος εκ θεμελίων το 1835 στα αφηλά της Πολιτείας, από τους Αιβαλιώτες που επέστρεψαν από τη διασπορά της πρώτης καταστροφής το 1821. Εκεί λέει υπήρχαν τα ιερά της αρχαίας πόλης της Νάσου:

«Νομίζω ότι οι ίδιοι Εκατονήσιοι έκτισαν επί της παντεπόπτου κορυφής της πόλεως Κυδωνιών ναούς δύο, δίβωμων του Απόλλωνος και της Αρτέμιδος, και οι χριστιανοί κατόπιν εκάλεσαν τον μεν ένα του Ηλιού, τον δε της αγίας Άννης και η εικασία μου στηρίζεται προ πάντων ότι η έρημος εκείνη μοναδική κορυφή είνε λίαν πλησίον της αρχαίας πόλεως των Νασιωτών…» γράφει το 1891 ο Δράκος.

Η πρώτη εκκλησιά, αυτή του 1835, ήταν μια απλή κι ευρύχωρη τρίκλιτη ξυλοστέγη βασιλική. Με αψηλό περίβολο δέσποζε σαν κάστρο πάνω από την πόλη. Ο περίβολος, λέει ο Δημητρός Ψαρρός, ήταν ακανόνιστος και είχε τρεις εισόδους. «Στον μεγάλο χώρο που περιέκλειε βρίσκονταν μερικά κελιά για τον εφημέριο στη βορινή πλευρά και το παρεκκλήσι της Αγίας Άννας, στη νότια πλευρά, καθώς και ένα μικρό νεκροταφείο για τη νέα ενορία πίσω από την εκκλησία».

Έξω από τον περίβολο στην κορυφογραμμή, στέκονταν στη σειρά οι μύλοι του Παλαιολόγου, του Μουρλού, του Τζίκα κι άλλος ένας, τέταρτος, αγνώστου.
Στα τέλη του 19ου αιώνα, την περίοδο του εκλεκτικισμού, «έγινε πλήρης αναμόρφωση και επέκταση της δυτικής πλευράς του ναού με την κατασκευή της ογκώδους πρόσοψης που φαίνεται σε φωτογραφία του 1917.

Στο ισόγειο, οξυκόρυφα νεογοτθικά τόξα δημιουργούν τον εξωνάρθηκα, ο οποίος κλείστηκε με τζαμαρία για καλύτερη προστασία των πιστών στην ανεμόδαρτη αυτή θέση. Στον όροφο βρίσκεται ο ευρύχωρος γυναικωνίτης με μεγάλα παράθυρα περιμετρικά. Η στέγη δημιουργεί ένα μεγάλο αέτωμα στην πρόσοψη του ναού» αποσώνει ο Ψαρρός.

Την ίδια εποχή πρέπει να έγιναν και οι αγιογραφίες των θωρακίων του γυναικωνίτη από τον Δημήτριο Αγραφιώτη, τον οποίο ο Φώτης Κόντογλου θεωρεί αγιογράφο κατώτερο του πατέρα του Γεωργίου Αγραφιώτη, Την ίδια εποχή φαίνεται ότι κατασκευάστηκε και το καμπαναριό στη δυτική πλευρά του περιβόλου μπροστά από την εκκλησιά.

Στον Προφήτη Ηλία διετέλεσε εφημέριος μέχρι το 1917, οπότε βρήκε το θάνατο κατά τον εκτοπισμό του πληθυσμού στη Μπάλια, ο ιερέας Γεώργιος Κλεομβρότου, πατέρας του μετέπειτα Μητροπολίτη Μυτιλήνης Ιακώβου Κλεομβρότου. Εκείνη την εποχή μόναζαν στα κελιά του Προφήτη Ηλία καταπώς έλεγαν ο Γιάννης Φουντούλης και ο Θανάσης Τσερνόγλου και τρεις μοναχές, η Ευσεβία, η Πελαγία και η Ελένη.

Μετά την επιστροφή των Αιβαλιωτών από τον πρώτο διωγμό, στα 1920 η ενορία του Προφήτη Ηλία περιλάμβανε 350 με 400 σπίτια και επομένως πρέπει να είχε πληθυσμό περίπου 1.800 κατοίκους. Οι περισσότεροι ήσαν φτωχοί γεωργοί, κτηνοτρόφοι κι εργάτες. Στην ενορία του Προφήτη Ηλία υπάγονταν και οι 10 μύλοι που υπήρχαν στα γύρω υψώματα, οι οποίοι ήσαν συνάμα και κατοικίες των μυλωνάδων .

Στην ενορία με τους ανεμόμυλους, την ενορία με τους δυο εκπροσώπους στη δημοκρατικά εκλεγμένη Δημογεροντία της πόλης από τα χρόνια ακόμα του 19ου αιώνα, στην ενορία των τίμιων των εργατικών και των φτωχών ανθρώπων.Στον χαμένο για πάντα Αιβαλιώτη Προφήτη Ηλία. Σήμερα στη θέση του ένα άθλιο ογκώδες τσιμεντένιο κτήριο, στρατιωτικό λέει ψυχιατρείο, καταστρέφει την εικόνα της καρσινής Πολιτείας.

Να 'τανε το μόνο...

Ο Προφήτης Ηλίας στο Αϊβαλί. Θα γιόρταζε σήμερα αν....