Στο πλαίσιο της διασύνδεσης των νησιών, τόσο με την ηπειρωτική χώρα όσο και μεταξύ τους, η οποία αποτελεί μεταξύ άλλων, υψηλή προτεραιότητα του υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, υπεγράφη η πράξη ένταξης του έργου εκβάθυνσης του λιμένα του Αγίου Ευστρατίου, προϋπολογισμού 320.000 ευρώ. Το έργο εντάχθηκε και χρηματοδοτείται από το Τομεακό Πρόγραμμα Ανάπτυξης και το Πρόγραμμα του Υποπρογράμματος Α’ με τίτλο «Ενίσχυση της Ναυτιλίας, της Εθνικής Λιμενικής Στρατηγικής και της Ασφάλειας και της Προστασίας στον Θαλάσσιο Χώρο» της Γενικής Γραμματείας Ναυτιλίας και Λιμένων. Η υλοποίησή του θα συμβάλει στην εκβάθυνση του λιμένα και στην επίτευξη του Ειδικού Αναπτυξιακού Στόχου 4Β «Μεταφορές».

Το έργο εκβάθυνσης του λιμένα του Αγίου Ευστρατίου θα συμβάλλει στην ενίσχυση της ακτοπλοϊκής σύνδεσης και δραστηριότητας του νησιού, δίνοντας τη δυνατότητα προσέγγισης σε πλοία μεγαλύτερης χωρητικότητας.

Τα πλοία της ακτοπλοΐας αντιμετωπίζουν σοβαρά προβλήματα πρόσδεσης στο συγκεκριμένο λιμάνι επειδή  εδώ  και πολλά χρόνια δεν έχει γίνει καθαρισμός της λεκάνης του λιμένα.