Η διαδρομή για το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη του Καταφύγη ξεκινάει πάνω από το δρόμο αναμεσά από την Θερμή και την Πηγή. Εκεί υπάρχει ένα μικρό πλάτωμα διασχίζοντας ένα μικρό ρέμα και ανηφορίζοντας έναν ελαιώνα για περίπου 30 λεπτά, ακολουθώντας λευκούς σταυρούς που βρίσκονται στα ελαιόδεντρα και σηματοδοτούν τη διαδρομή.

Όταν ο περιπατητής συναντήσει τις παρυφές του πευκοδάσους θα κατευθυνθεί βόρεια για ακόμα 20 λεπτά. Σκαρφαλώνοντας με προσοχή το ύψωμα Παλαμά θα βρεθεί στην είσοδο του σπήλαιου λίγο πριν την κορυφή του υψώματος Παλαμά. Η θέα από εκεί είναι μαγευτική και φθάνει μέχρι τα μικρασιατικά παράλια.
Το σπήλαιο του Αγ. Ιωάννη βρίσκεται αναμεσά στους οικισμούς της Θέρμης και της Πηγής. Tα πετρώματα του σπηλαίου του Αγ. Ιωάννη είναι μαρμαρά της εποχής του Περμιού ηλικίας 299-248 εκατομμύρια χρονιά πριν. Το σπήλαιο έχει βάθος 25 μέτρων δεσπόζει λίγο πριν την κορυφή του υψώματος Παλαμά.

Τα σπήλαια ανήκουν στα Καρστικά φαινόμενα και δημιουργούνται από την διάλυση του ασβεστόλιθου από την δράση του νερού. Τα σπήλαια είναι βαθιά συνδεδεμένα με τον άνθρωπο καθώς από την προϊστορία χρησιμοποιήθηκαν ως οικία αλλά και ως χώροι λατρείας, έτσι και το σπήλαιο του Αγ. Ιωάννη στο παρελθόν είχε χρησιμοποιηθεί ως ασκηταριό από χριστιανούς μονάχους της περιοχής.
Το σπήλαιο του Αγ. Ιωάννη του Καταφύγη έχει ένα από τους πιο πλούσιους σπηλαιοδιάκοσμους από όλα τα σπήλαια της Λεσβου . Στο σπήλαιο ο περιπατητής έχει την ευκαιρία να παρατηρήσει εντυπωσιακούς σταλακτίτες και σταλαγμίτες καθώς και Παραπετασματοειδείς (κουρτίνες) σχηματισμούς. Μέσα στο σπήλαιο υπάρχει μια περιοδική ροή νερού που οφείλεται και η ύπαρξη του σπηλαιοδιάκοσμου. Στο σπήλαιο υπάρχουν δυο κυρίες αίθουσες σε διαφορετικά επίπεδα. Στο πρώτο επίπεδο υπάρχει ένα μικρό ιερό αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη το Καταφύγη.
Το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη του Καταφυγή είναι ένας εξαιρετικός Καρστικός γεώτοπος που επισκέπτης θα πρέπει να σεβαστεί. Η διαδρομή αν και περνάει το μεγαλύτερο μέρος της μέσα από ελαιώνα και φαντάζει εύκολη δεν θα πρέπει να υποτιμηθεί και ο περιπατητής να λάβει όλα τα μετρά ασφάλειας τόσο για την πεζοπορία όσο και για την είσοδο του στο σπήλαιο.
Ας σημειωθεί ότι επισκέψιμα στην περιοχή είναι επίσης το σπήλαιο του Αγίου Θυμιανού, με βάθος 10μ.και πλάτος 3μ., καθώς και το σπήλαιο του Αγίου Φιλίππου στη βραχώδη πλαγιά του βουνού Σαραϊ. Και τα τρία σπήλαια χρησιμοποιήθηκαν στο παρελθόν ως ασκητήρια μοναχών, ενώ σήμερα στεγάζουν στο εσωτερικό τους μικρά εξωκκλήσια.