Ανοιχτό για τους επισκέπτες είναι το εκκλησιαστικό μουσείο του Αγίου Νικολάου στο Πλωμάρι. Το Μουσείο είναι επισκέψιμο από Δευτέρα ως Παρασκευή από τις 9.00 ως τη 1.00 μετά το μεσημέρι εκτός από αργίες.

Το Μουσείο βρίσκετε στον αύλιο χώρο του ναού. Σε αυτό μπορεί να βρει κανείς την ιστορία του ναού, του Πλωμαρίου και της γύρω περιοχές. Επίσης υπάρχουν παλαιές εικόνες, λειτουργικά αντικείμενα, δισκοπότηρα, παλαιά ευαγγέλια, κώδικες του Βενιαμίν του Λεσβίου, το φιρμάνι από τον Σουλτάνο που δίνει την άδεια για το χτίσιμο του ναού, παλαιά βιβλία κ.α.

Υπάρχουν ακόμα τα ιερά σκεύη των μονών του Πλωμαρίου, του Αγίου Γεωργίου του άνω χωριού και της ιεράς μονής της Ευαγγελιστρίας του Πάτου.