Με την ολοκλήρωση της εξέτασης από τους συνηγόρους υπεράσπισης του Νίκου Σαμαρά, εσωτερικού ελεγκτή της υπό Συνεταιριστικής Τράπεζας Λέσβου Λήμνου, την επίμαχη περίοδο όπου έγιναν τα μεγάλα ανοίγματα της τράπεζας προς συγκεκριμένο επιχειρηματία, συνεχίστηκε στις 17 Ιανουαρίου η πολύκροτη δίκη του σκανδάλου των θαλασσοδανείων της Τράπεζας. Μια δίκη που ξεκίνησε στις 17 Δεκεμβρίου διέκοψε μετά από τέσσερις συνεχόμενες συνεδριάσεις στις 20 Δεκεμβρίου. Ενώ διακόπηκε ξανά για να συνεχισθεί στις 26 Μαρτίου. Τυπικά το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων, θα συνεδριάσει και στις 6 Φεβρουαρίου, ωστόσο η δίκη θα διακοπεί αμέσως αφού όπως δήλωσε η πλειοψηφία των συνηγόρων δεν έχει τη δυνατότητα να παραστεί εκείνη την ημέρα.

Στην τελευταία ημέρα διεξαγωγής της δίκης, την Πέμπτη 17 Ιανουαρίου απαντώντας στις ερωτήσεις των συνηγόρων, ο Ν. Σαμαράς επισήμανε μεταξύ άλλων ότι ο ίδιος ξεκίνησε να εργάζεται ως Εσωτερικός Ελεγκτής της Συνεταιριστικής Τράπεζας το 2003 ενώ ενημερώθηκε στις 18 Ιουλίου του 2004, για το ζήτημα των επιταγών από τον υπεύθυνο του τμήματος.
Ο υπάλληλος, σύμφωνα με τον Ν. Σαμαρά, του έδωσε μια λίστα με επιταγές μέχρι την ημέρα εκείνη, οι οποίες είχαν καλυφθεί από την Τράπεζα με εντολή άνωθεν, όπως είπε ο υπάλληλος. Επανέλαβε δε, ότι με επιστολή του στον πρόεδρο της Τράπεζας τον Αύγουστο του 2004 περιέγραφε αναλυτικά την κατάσταση και μάλιστα και ζητούσε να ληφθούν μέτρα ώστε να περιοριστεί ο κίνδυνος στον οποίο έχει εκτεθεί η τράπεζα.

Ο ίδιος ο μάρτυρας ανέφερε ότι κανονικά η επιστολή αυτή, απευθυνόταν στον πρόεδρο μεν, ωστόσο του ζητούσε μέσα από το κείμενο, να ενημερώσει τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου.
Σε άλλο σημείο της κατάθεσής του, ο Ν. Σαμαράς, απαντώντας σε σχετική ερώτηση τόνισε μεταξύ άλλων ότι με την ασυνήθη αυτή πρακτική της κάλυψης επιταγών καλύφθηκαν επιταγές συνολικά 30 ατόμων. Συνολικά με κεφάλαια της τράπεζας καλύφθηκαν 217 επιταγές συνολικού ποσού 2.949.000 ευρώ.